在远古的时代，宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明，正如光与影永远是相互矛盾的，两个文明也长年处于战争之中，代表黑暗的文明为了取得胜利，就制造了一种高科技的战舰，这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时

故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章 配音）、中岛匡幸（福山润 配音）和大神信（保志总一朗 配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。

公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人

达拉克帝国是一个完全只有男人的国家，而美洁尔则是个百分之百的女人国，两边长期以来就互相仇视、战火连连。渡海响是一名机械工，在达拉克帝国中属于地位卑微的三等国民阶级，原本潜入「雷号舰」盗取「蛮型机」机械

新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。