同年十二月，淮西平定后，韩愈随裴度回朝，因功授职刑部侍郎，宪宗便命他撰写《平淮西碑》，其中很大篇幅叙述裴度的事迹。当时，李愬率先进入蔡州生擒吴元济，功劳最大，他对韩愈所写愤愤不平。李愬之妻入宫禁诉说碑辞与事实不符，宪宗便下令磨掉韩愈所写碑文，命翰林学士段文昌重新撰写刻石为碑。元和十三年（818年）四月，尚书左仆射郑余庆因谙熟典章，被任命为详定使，对朝廷仪制、吉凶五礼加以修定。韩愈被引为副使，参与修定工作。谏迎佛骨韩愈听颖师弹琴元和十四年（819年）正月，宪宗派使者前往凤翔迎佛骨，长安一时间掀起信佛狂潮。韩愈不顾个人安危，毅然上《论佛骨表》极力劝谏，认为供奉佛骨实在荒唐，要求将佛骨烧毁，不能让天下人被佛骨误导。宪宗览奏后大怒，要用极刑处死韩愈，裴度、崔群等人极力劝谏，宪宗却仍愤怒。一时人心震惊叹惜，乃至皇亲国戚们也认为对韩愈加罪太重，为其说情，宪宗便将他贬为潮州刺史。韩愈到潮阳后，上奏为自己辩白。宪宗对宰相说道：“昨日收到韩愈到潮州后的上表，所以想起他谏迎佛骨之事，他很是爱护朕，朕难道不知道？但韩愈身为人臣，不应当说人主奉佛就位促寿短。朕因此讨厌他太轻率了。”
宪宗意欲重新起用韩愈，所以先说及此事，观察宰相的态度。但同平章事皇甫镈憎恨韩愈为人心直口快，怕他重被起用，便抢先回答说：“韩愈终究太狂放粗疏，暂且可考虑调到别郡。”
适逢大赦，宪宗便于同年十月量移韩愈为袁州（今江西宜春）刺史。[5]元和十五年（820年）春，韩愈抵达袁州。按照袁州风俗，平民女儿抵押给人家做奴婢，超越契约期限而不赎回，就由出钱人家没为家奴。韩愈到后，设法赎出那些被没为家奴的男女，让他们回到父母身边。于是禁止此种风俗，不许买人为奴。此年九月，韩愈入朝任国子祭酒，于冬季回到长安。[5]出使镇州长庆元年（821年）七月，韩愈转任兵部侍郎。当时，镇州（今河北正定）兵变，杀害新任成德节度使田弘正。都知兵马使王廷凑自称留后，并向朝廷索求节钺。长庆二年（822年）二月，朝廷赦免王庭凑及成德士兵，命韩愈为宣慰使，前往镇州。韩愈即将出发时，百官都为他的安全担忧。元稹说：“韩愈可惜。”
唐穆宗也后悔，命韩愈到成德军边境后，先观察形势变化，不要急于入境，以防不测。韩愈说：“皇上命我暂停入境，这是出于仁义而关怀我的人身安危；但是，不畏死去执行君命，则是我作为臣下应尽的义务。”
于是毅然只身前往。到镇州后，王庭凑将士拔刀开弓迎接韩愈。韩愈到客房后，将士仍手执兵器围在院中。王庭凑对韩愈说：“之所以这么放肆无礼，都是这些将士干的，而不是我的本意。”
韩愈严厉地说：“皇上认为你有将帅的才能，所以任命你为节度使，却想不到你竟指挥不动这些士卒！”
有一士卒手执兵器上前几步说：“先太师（指王武俊）为国家击退朱滔，他的血衣仍在这里。我军有什么地方辜负了朝廷，以致被作为叛贼征讨！”
韩愈说：“你们还能记得先太师就好了，他开始时叛乱，后来归顺朝廷，加官进爵，因此，由叛逆转变而为福贵难道还远吗？从安禄山、史思明到吴元济、李师道，割据叛乱，他们的子孙至今还有存活做官的人没有？”
众人回答：“没有。”
韩愈全身像韩愈又说：“田弘正举魏博以归顺朝廷，他的子孙虽然还是孩提，但都被授予高官；王承元以成德归顺朝廷，还未成人就被任命为节度使；刘悟、李祐当初跟随李师道、吴元济叛乱，后来投降朝廷，现在，都是节度使。这些情况，你们都听说过吗！”
众人回答：“田弘正刻薄，所以我军不安。”
韩愈说：“但是你们这些人也害死田公，又残害他家，又是什么道理？”
众人都称善。王庭凑恐怕将士军心动摇，命令他们出去。然后，对韩愈说：“您这次来成德，想让我干什么呢？”
韩愈说：“神策六军的将领，像牛元翼这样的人不在少数，但朝廷顾全大局，不能把他丢弃不管。为什么你到现在仍包围深州，不放他出城？”
王庭凑说：“我马上就放他出城。”
便和韩愈一起饮宴，正逢牛元翼逃溃围出，王庭凑也不追。长庆二年（822年）九月，韩愈转任吏部侍郎。[5]次年六月，升任京兆尹兼御史大夫。神策军将士闻讯后，都不敢犯法，私下里相互说：“他连佛骨都敢烧，我们怎么敢犯法！”
韩愈任职不久，便因不参谒宦官，被御史中丞李绅弹劾。韩愈不服，称此举经穆宗恩准。二人你来我往，争辩不止。宰相李逢吉趁机奏称二人关系不合，朝廷便派李绅出任浙西观察使，韩愈也被改职兵部侍郎。不久后，穆宗得知其中事由，再任韩愈为吏部侍郎。病逝于家长庆四年（824年）八月，韩愈因病告假。同年十二月二日（12月25日），韩愈在长安靖安里的家中逝世，终年五十七岁。获赠礼部尚书，谥号文。[5]次年三月，葬于河阳。元丰元年（1078年），宋神宗追封韩愈为昌黎伯，并准其从祀孔庙。韩愈是古文运动的倡导者，主张继承先秦两汉散文传统，反对专讲声律对仗而忽视内容的骈体文。韩愈文章气势雄伟，说理透彻，逻辑性强，被尊为“唐宋八大家”之首。时人有“韩文”之誉。杜牧把韩文与杜诗并列，称为“杜诗韩笔”[7]；苏轼称他“文起八代之衰”。