中央历史语言研究所辗转迁徙至云南昆明北郊的龙头村，后又在1940年迁至四川李庄。此一时期芮逸夫等人的民族调查工作并未中断。1939—1940年间，芮逸夫曾到贵州大定、花溪、青岩、贵阳、贵定、安顺、镇宁等地进行贵州苗族调查。

1941年，中央历史语言研究所与国立中央博物院合作进行川康调查，芮逸夫、凌纯声与马长寿等一同至川西马尔康、汶川、小金、松潘、康定等地进行有关“西番”与羌族的考察。

1942—1943年，芮逸夫与胡庆钧到川南叙永进行苗族调察。

胡庆钧（1918年12月——2015年11月日）出生在湖南宁乡县仙凤乡邱家冲。幼年遭遇父母双亡厄运，求学历程备受艰辛。1940年转学西南联大社会学系，1942年，胡庆钧西南联大毕业后考入北京大学文科研究所人类学专业，师从人类学家凌纯声。1944年获得硕士学位。1947年，胡庆钧调清华大学人类学系工作。

1952年下半年，调入中国科学院近代史研究所。1963年，胡庆钧调到民族所，“文.革”中受冲击、遭抄家，书稿被毁。

从1950年到1985年，胡庆钧八上凉山，调查彝族奴隶制社会形态，以扎扎实实调查研究的求实作风，获得了大量令人信服的第一手材料。于1983年终于写成40万字的《凉山彝族奴隶制社会形态》一书。

这次调查，是在1933年湘西苗族调查之后，芮逸夫所从事的又一停留时间较长的田野调查。

调查结束后，芮逸夫写成了《川南鸦雀苗的婚丧礼俗》一书，稍后胡庆钧也写出了《汉村与苗乡》一书，这两部书是民国时期苗学研究的重要著作。此外，在对川南苗族进行调查中，芮逸夫坚持每天记日记，并不时拍摄照片，6个多月的调查结束时，芮逸夫的日记也成了厚厚的一本书。此后，芮逸夫的日记也编辑成了名为《川南苗族调查日志1942-43》的书，翔实地记载了开展调查的各个细节，并附有56张珍贵的苗族照片，该书具有很强的学术资料价值。

田野日志于2010年以《川南苗族调查日志1942—43》之名出版。日志由1942年12月1日芮在叙永的长江边上启程记起，至田野调查结束后的第三日1943年5月18日止。5月18日芮写下日志的最后一句：“与王（古宋县府科长）同至街上吃面，盖今日乃余之四十五生日也。”

芮逸夫在这约半年的调查采访中，在乡间勤于学习及记录苗语，采访及观察苗民婚丧礼仪，记录当地人的经济生活与老.习俗。在城镇中则与当地军政首长、县府职员应酬，到处为人照相、冲洗照片以广结人缘。

他在民国三十一年十二月十日的日记中写道：

“七时半起，八时许早餐，购皮鞋一双（价200元）而返。十一时与胡同至县府拜访何本初县长，谈西南两乡（一、三两区）苗情颇详。并为余等建议路线；由后山堡，枧槽沟，分水岭，双河场（在云南威信），再返分水岭，而至黄泥嘴、清水河，至大坝。后赴宴之主客陆续而到（叙永党政机关法团士绅请客）。第廿四师廖师长、唐团长、徐团长亦先后到，此外尚有岳县议长（年已六十七，曾任蔡松坡将军之秘书）、李参议员铁夫、卫生院何院长、县党部郑书记长等。一时许入席，共四桌，廖师长中席首座，余左席首座，同席有李参（议）员、何校长、何院长、李副县议长等。二时半席散，摄影两帧辞出。与何校长同至省高中讲中华民族之意义，胡讲种族平等之意义。五时毕，曹教员邀往晚餐后，即辞别返寓。何海德教育科长来谈苗教育颇久，袁亦来约明日偕人来谈苗情云。十时睡。”

而在民国三十一年十二月十一日的日记中，则记载了两人至县中对全校两百余学生演讲。

芮逸夫讲“谈求学”，胡庆钧讲“中华民族的出路”。

芮逸夫在调查中，很注重结交有心于地方文化教育与社会建设的本土知识分子。他在川南各苗乡结识韩介休（震东乡）、罗文才（枧槽）、罗承瑄、马俊良（海坝）、马俊森（海坝）、杨德明（海坝）、古元生（马家屯）等人，并得到他们很多协助。

芮逸夫的田野日志记载，韩介休于1941年筹组“叙蔺边民文化促.进.会”，1942年创办边民学校8所，至芮来访之时已建有12所学校。马俊良、马俊森、杨德明等，都是边民小学的老师，他们也都是边民小学之支持机构基督教福音教会的信徒。芮逸夫在与韩介休面谈之后，在日志中写道：“与介休谈苗族一切问题，颇有见地。以一耶稣教徒不为耶教所囿，尤为难能可贵。”

他也写下他们所谈的问题——“边校创办之经过及其现况”“苗人之政治地位”“苗人之社会地位”“汉人心理上鄙视苗人之例”“苗、夷、汉种族混杂之事例”“余、杨、苏、李、陆皆奢崇明之后”等。

在李庄时期，可以说是芮逸夫创作的高峰期。

1942年，他发表《中华国族解》一文。该文首先化解“中华民族是一个”或其中仍可分析出多个民族之争。他认为从政治观点来说中华民族不可分，“但由学术观点来说，是可以析出不少个体的”。接着，他称“中华国族”是中华国家、中华民族两者结合之复合词的简称。他认为有地域、人种、语言和文化等四种意义之中华国族，在此四种意义上中华国族都是多元的。最后他呼吁以“中庸之道”作为中华国族之国族性。在这篇文章中，他用力最深的便是提出“语言的”中华国族架构，包括两大语族——支那或汉藏语族与阿尔泰语族。前者包括汉语、泰掸、藏缅、苗傜四个语系，后者有突厥、蒙古、通古斯三个语系。

他在1943年发表的《西南民族的语言问题》在该文中他首先说明写作目的——语言学家主张要从事并完成足够的语言调查才能谈语系分类问题，但民族学者想依语系分类来分辨族类，他称若要等到各族语言调查清楚，岂非如“俟河之清”？所以他先就已发表之语言学家对中国南方及南亚语言分类之各家意见作比较，提出中国西南民族语言分类的大架构。他特别注意苗傜语的分类地位，主张它应和傣、藏缅、孟克语并列为中国西南民族的四种语系。在本文之末他也提出自己对于语言教育的看法，建议为西南各民族语言创造拼音文字，让他们用以记录及阅读，而且他建议要用“同一系统之文字或字母”来拼缀汉语及各西南民族的语言。他以自己在云南所见部分夷族以传教士所创拼音文字读经书的例子，说明此事不难做成。

川南苗乡之行或许是芮逸夫学术事业的一个转折点。由其1945年以后发表的文章来看，除了仍关怀边疆民族问题外，他对于亲属体系的研究产生了很大的兴趣。亲属体系是人类学的传统研究领域，婚丧习俗是亲属关系下产生的仪式化表征。芮在川南对“鸦雀苗”婚丧习俗及亲属称谓资料的搜集、研究，应是他个人学术志业转向的关键。在川南田野之行中，他随身携带一本美国人类学会新近出版的人类学田野调查报告翻阅，此或也显示他正在由着重民族识别、分类的民族研究，转向重社会文化分析的人类学研究之中。